O Projeto Restaura Pantanal é financiado pelo Fundo Global para o Meio Ambiente (GEF) no âmbito do Projeto Estratégias de Conservação, Restauração e Manejo para a biodiversidade da Caatinga, Pampa e Pantanal (GEF Terrestre), que é coordenado pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA) e tem o Banco Interamericano de Desenvolvimento (BID) como agência implementadora e o Fundo Brasileiro para a Biodiversidade - FUNBIO como agência executora).
O Instituto Gaia é a instituição executora e tem como parceiros: UNEMAT, ESEC TAIAMÃ /ICMBIO, STTR, ECOPANTANAL, PELD DARP PANTANAL, COLONIA DE PESCADORES Z2, REDE PANTANEIRA e IFMT.