El Proyecto Restaurar Pantanal es financiado por el Fondo Mundial para el Medio Ambiente (GEF) en el marco del Proyecto Estrategias de Conservación, Restauración y Gestión para la Biodiversidad en la Caatinga, Pampa y Pantanal (GEF Terrestre), que es coordinado por el Ministerio del Medio Ambiente ( MMA) y tiene al Banco Interamericano de Desarrollo (BID) como organismo ejecutor y al Fondo Brasileño para la Biodiversidad - FUNBIO como organismo ejecutor).
El Instituto Gaia es la institución ejecutora y tiene como socios: UNEMAT, ESEC TAIAMÃ/ICMBIO, STTR, ECOPANTANAL, PELD DARP PANTANAL, COLONIA DE PESCADORES Z2, REDE PANTANEIRA e IFMT.